清华大学药学技术中心 (Center of Pharmaceutical Technology, Tsinghua University) 是面向全校的一个从药物发现、药物开发到药物评价的公共服务平台，可为我校生命科学与医药学相关研究及相关重大课题的申报与实施提供帮助与支持。
目前已初步建成的平台包括活性筛选平台、PKPD平台、核磁平台和计算机辅助药物设计平台，主要工作由以下几部分组成：基于靶点的高通量筛选（High-Throughput Screening, HTS）、基于细胞的高内涵筛选（High Content Screening，HCS）、计算机辅助的虚拟筛选（Computer-Aided Drug Design，CADD）、代谢组学（Metabonomics）、药物分析（Drug Analysis）、药物代谢（Drug Metabolism）及核磁共振分析（Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy，NMR）。
2010年8月，在985专项基金的资助下，清华大学生物医学测试中心启动“药物发现平台”建设，购置了一批用于药学及相关学科研究的大型仪器设备。2011年7月，仪器设备陆续安装并投入使用，在开放服务的五年多时间里，在科研支撑和测试服务方面受到了校内外师生的一致好评。2015年12月药学院成立之后，平台又增加了一些大型仪器设备，逐步扩大了服务范围和影响力。2018年8月，药物平台申请并被批准为校级科研条件平台，更名为“药学技术中心”，并将本着“创新、教育、转化”三位一体的思路，努力发展成为国内外知名的药学科研条件平台，并打破医药研发技术壁垒，培养引领医药研发的高端技术人才。
PKPD平台已配置了多种色谱质谱联用仪，包括低分辨、高分辨液相色谱质谱联用以及气相色谱质联用，有液相色谱/串联三重四级杆质谱联用系统（QQQ）、液相色谱/高分辨质谱（QTOF）、液相色谱/三重四级杆离子阱质谱联用系统（QTRAP4500）、气相色谱/质谱联用系统（GC/MS）、液相色谱/超高分辨率质谱联用系统（Q Exactive Plus）、离子色谱（ICS-5000+）、质谱引导制备液相色谱系统（AutoPurification System）等，可做天然药物、合成药物、中药及生物小分子的定性及定量分析，例如药物有效成分分析、杂质成分鉴定、药物代谢产物鉴定、体内药物代谢动力学、脂质组学及代谢组学等。目前已建立了用MRM进行绝对定量的方法有：废水中多种抗生素的定量，细胞中常见氨基酸的定量，植物中常见微量激素的定量，藻类细胞中类胡萝卜素（叶黄素等）类定量、植物中糖类化合物的定量，细胞中核苷类化合物的定量，多个辅酶A类化合物的定量，细胞中糖代谢通路中关键化合物的定量等。
活性筛选平台的主要工作是提供先导化合物筛选、初步生物活性检测及优化，从分子水平、细胞水平到动物水平，为生物活性筛选及研究提供技术支持。平台建有小分子化合物库，涵盖近18万个合成小分子、已批准药物和天然产物；配置了标准化实验室、细胞培养洁净间、动物实验操作间及诸多以微量、快速、灵敏和大规模化为特点的高端科研设备和常用配套设备，可为用户高效率地进行生物活性筛选提供技术平台和技术条件。现有设备包括：双转盘激光共聚焦高内涵成像显微镜(Opera Phenix)、纳升级声波移液系统(Echo550)、多功能酶标仪(EnVision & Enspire)、高通量实时荧光检测分析系统(FLIPR Tetra)、全自动移液工作站(Tecan EVO200)、长时间动态细胞成像及功能分析系统(Incucyte Zoom)、全自动细胞计数及活力分析系统(Vi-CELL XR)、洗板分液系统(BioTek EL406 & MultiFlo)、全自动生化分析仪、全自动多关节微孔板处理系统等。